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Im Mittelalter befand sich der Bereich des Flensburger Hafens primär am Westufer, unterhalb der Kirchspiele St. Nikolai, St. Marien und St. Gertrud. Dort am Wasser unterhalb der Kirchspiele, im Bereich unterhalb der St. Marienkirche bis ungefähr zur Höhe des Nordertores, entstand mit der Schiffbrücke ein Anlegekai. Der Name der Schiffbrücke ist erstmals für das Jahr 1408 bezeugt. Im Erdbuch, einem alten Grundbuch Flensburgs, wird sie 1436 als „Schipbrügge“ erwähnt. Flensburgs Schiffbrücke ist wie der Name verrät eine Schiffbrücke, also ein gepflasterter Ladeplatz mit Befestigung des Hafenufers, so dass eine richtige Brücke oder Pontonbrücke hier niemals gestanden hat
Die Gemeinde von St. Jürgen wurde am 1. Juli 1895 gegründet, womit man sich vom Kirchspiel Adelby löste. Da sie keine Kirche besaß, feierte die Gemeinde zunächst ihren Gottesdienst in der Heiliggeistkirche, die damals noch der St.-Marien-Gemeinde gehörte. Im Jahr 1900 kam es dann zur Eingemeindung von Jürgensby. Die Kirche wurde etwas später, in den Jahren 1903 bis 1907, an der Stelle des ehemaligen St.-Jürgen-Hospitals, eines mittelalterlichen Hospitals für Lepra- und Pestkranke, das aber schon lange vor dem Bau nicht mehr existierte, errichtet und nach dem heiligen Georg benannt – die norddeutsche Variante des Namens Georg lautet Jürgen.